Instituído pela lei n°11.494/07, o Conselho Municipal do Fundeb é composto de, no mínimo, 9 (nove) membros e é o órgão encarregado de realizar o acompanhamento e o controle social sobre a distribuição, a transferência e a aplicação dos recursos do Fundo junto ao governo.
A lei n°9.394/96 estabelece que os recursos do Fundo devem ser aplicados, exclusivamente, na Educação Básica Pública, sendo 60% para pagamento de salários de professores em efetivo exercício e 40% na manutenção e desenvolvimento do ensino, como reformas e construções de creches e escolas.
Formado por integrantes da comunidade escolar, esse importante órgão de controle e acompanhamento dos recursos destinados aos gastos com a educação atua como mediador entre a sociedade e os gestores municipais. A lei não prevê sanções aos municípios que não tenham Conselho, o que acaba estimulando a gestão municipal a negligenciar sua criação, no entanto, existe a exigência de que os municípios encaminhem as contas da educação para apreciação do Conselho antes de encaminhá-las ao Tribunal de Contas.
De acordo com a lei, os componentes do Conselho são: 2 (dois representantes do poder executivo municipal, sendo um deles da Secretaria Municipal de Educação; 1 (um) diretor de escola; 1 (um) professor; 1 (um) servidor técnico de escola pública municipal; 2 (dois) representantes de pais de alunos matriculados na rede pública municipal da educação básica; e 2 (dois) alunos emancipados ou representantes de alunos, que podem ser pais e/ou professores. Cada categoria é responsável por indicar seus representantes*.
A lei também estabelece, como forma de proteger os conselheiros, regras como o impedimento de exoneração ou demissão sem justa causa de professor, servidor ou diretor de escola, que participe do Conselho; assim como sua transferência ou seu afastamento do trabalho. Além disso, não participação do Conselho, os cônjuges e parentes consangüíneos até o terceiro grau do prefeito, vice-prefeito e secretários municipais.
*Atualmente, o município de São Luís não possui conselheiros reconhecidos pelo Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE).